يعود تاريخ تأسيس هذا المعهد إلى نهاية القرن التاسع عشر من طرف الجالية الفرنسية وأطلق عليه اسم معهد "سان شارل" نسبة إلى الكاردينال "شارل لاقيجري" وفي سنة 1308هـ/1890م أطلقت عليه السلطات الاستعمارية اسم المعهد الصادقي حتى تتمكن من الاستفادة من الأموال المتأتية من أحباس المدرسة الصادقية. غير أن هذه المناورة باءت بالفشل فلجأت السلطات آنذاك إلى تغيير تسميته من جديد ليصبح معهد "كارنو" وذلك نسبة للرئيس الفرنسي "سادي كارنو" الذي اغتيل بليون (فرنسا) سنة 1311هـ/1893م.
خلال الثمانينات أصبح يحمل إسم المعهد النموذجي "الحبيب بورقيبة" الذي يستقطب أنجب التلاميذ في مرحلة التعليم الثانوي ، وكانت هذه المؤسسة في بدايتها مؤسسة فرنسية بالأساس وكونت العديد من الإطارات من مختلف الأجيال.