هو أول جامع حنفي وأول جامع له مئذنة مثمنة الأضلع ويلحق به تربة تضم رفاة مؤسسه وأفراد عائلته ، ويعرف أيضا بجامع البشامقية ، وقد تم بناؤه سنة 1021 هـ/ 1612 م في عهد يوسف داي من قبل المهندس محمد الأندلسي بن غالب (الذي اقترن اسمه كذلك بمساهمته في ترميم جامع الزيتونة المعمور) ، وكان في أول الأمر مسجدا صغيرا ، ثم أصبح سنة 1041هـ/1631 م جامعا تقام فيه صلاة الجمعة والعيدين وكان تعداده الجامع الحادي عشر بالعاصمة .
ألحقت بالجامع فيما بعد مدرسة أتبعها محمد الصادق باي إلى المستشفى الذي أقامه بثكنة البشامقية.
وفي نهاية القرن 13 هـ/19 م، ظهرت علامات التدهور على المئذنة، فأمر علي باي (1300هـ/1882م-1320هـ/1902م) بترميمها رافضا استبدالها بمئذنة رباعية الأضلع. وبمقتضى مرسوم صادر عن الباي سنة 1345هـ/1926م، أصبح الجامع ملحقا بالجامعة الزيتونية حيث كانت تلقى الدروس فيه إلى أن تم نقلها إلى مبنى جديد في فجر الاستقلال.
ملاحظة : يشكل هذا المعلم بالتربة والمدرسة الملحقتين به من المعالم المرجعية الهامة في تاريخ العمارة التونسية ، ويعتبر جامع يوسف داي محطة هامة من محطات تطور العمارة التونسية بثوابتها وتحولاتها