Ce Lycée, édifié à la fin du siècle dernier par la colonie française de Tunis, était appelé "Lycée Saint Charles", en référence au Cardinal Charles Lavigerie. En 1890, en vue d'affecter à son profit les "Habous" du Collège Sadiki, les autorités coloniales le dénommèrent "Lycée Sadiki".

Cette manœuvre n'ayant pas abouti, l'établissement prit le nom de "Lycée Carnot" en hommage au Président de la République Sadi Carnot, assassiné à Lyon (France) en 1893.

Il devint au cours des années 1980, le Lycée pilote Habib Bourguiba destiné à accueillir les élèves les plus brillants du cycle secondaire.

Cet établissement, exclusivement français au départ, vit se succéder en son sein plusieurs générations de cadres qui lui sont restés fidèles et contribua ainsi à renforcer l'amitié tuniso-française.